Social- och hälsovårdsministeriet tillsätter Pensionsskyddscentralens högsta beslutande organ, dvs. representantskapet, och utnämner styrelsens ordförande och vice ordförande. Representantskapet utser de övriga 13 styrelsemedlemmarna.

Arbetspensionsskyddet bekostas av arbetsgivarna och arbetstagarna tillsammans. Därför har också arbetsmarknadsorganisationerna en viktig roll i Pensionsskyddscentralens förvaltning, som representanter för arbetsgivarna och arbetstagarna.

Styrelsen utnämner verkställande direktören och övriga direktörer, som styr verksamheten på respektive linjer under verkställande direktörens ledning.

Verkställande direktör för Pensionsskyddscentralen är Mikko Kautto. För registertjänsterna och administrationen ansvarar direktör Katri Raatikainen (verkställande direktörens ställföreträdare). För juridiska ärenden, internationella pensionsärenden, övervakningen av försäkringen och rådgivningen ansvarar direktör Karoliina Kiuru. För forskning, statistik, planering och it-förvaltningen ansvarar direktör Allan Paldanius. För kommunikationen ansvarar kommunikationsdirektör Tuovi Rautjoki.